En 2004, sur le site Natura 2000, 15 habitats d'interêt communautaire sont présents:
- Habitats d'eau douce
- Végétation annuelle des rives exondées (3130)
- Communauté à characées (3140)
- Végétation des canaux et fossés à faible courant (3150)
- Végétation de rivière (3260)
- Végétation des berges vaseuses (code 3270)
- Landes
- Lande sèche (4030) (présent sur la réserve de Pont Barré)
- Végétations herbacées
- Pelouse d'affleurement calcaire (6110*)
- Pelouse sèche calcaires à orchidées (6220*)
- Mégaphorbiaie (6430)
- Prairie à molinie (6410)
- Prairie maigre de fauche (6510)
- Végétation des éboulis rocheux
- Falaises siliceuse (8220)
- Végétation pionnière sur silice (8230)
- Forêts
- Foret alluviale à Aulne et Frenes (91E0*)
- Foret mixte des grands fleuves (91F0)
En totalité, sur les 16 500 ha du site Natura 2000, 2 850 ha sont référencés comme étant des habitats d'interêt communautaire. L'habitat le mieux représenté à l'échelle du site est "prairie maigre de fauche (6510) avec 1200ha.